โรงเรียนบ้านหนองขนากก่อตั้งเมื่อวันที่ 27 มกราคม 2521 แล้วเสร็จเมื่อวันที่ 28 เมษายน 2521 โดยนายเป้า รัตนวิชัย ผู้ใหญ่บ้านหนองขนาก นายไพบูลย์ ประภาพิทยาพงษ์ ครูใหญ่โรงเรียนบ้านดอนแขวนและประชาชนคณะกรรมการหมู่บ้าน ร่วมกันเสียสละทุนทรัพย์และแรงงานโดยไม่ต้องใช้งบประมาณจากทางราชการแต่อย่างใด เปิดเรียนอย่างเป็นทางการเมื่อวันที่ 1 พฤษภาคม 2521 โดยนายพรม อรัญรุด ปลัดอำเภอซึ่งเป็นหัวหน้ากิ่งอำเภอเป็นประธานในพิธี