โรงเรียนอนุบาลเซกา ตั้งขึ้นเมื่อวันที่ ๑ ตุลาคม  พ.ศ. ๒๔๖๓ โดยอำมาตย์ตรีนพ   นาครทรรพ  นายอำเภอชัยบุรี (จังหวัดบึงกาฬในปัจจุบัน) โดยใช้งบประมาณจากงบประมาณและเงินบำรุงการศึกษาประชาบาลและเงินการศึกษาพลี ครั้งแรกตั้งขึ้นโดยอาศัยศาลาการเปรียญวัดไตรภูมิ บ้านเซกา เป็นสถานที่เรียนและจัดกิจกรรม  ต่อมาคณะกรรมการเห็นว่าศาลาการเปรียญที่ใช้อยู่คับแคบบรรจุนักเรียนได้ไม่เพียงพอ  นายบาง  เขื่อนพงษ์  จึงมอบเรือนไม้ให้ ๑ หลัง ในราคา ๑๒ บาท เพื่อก่อสร้างและต่อเติมอาคารเรียน เมื่อ พ.ศ. ๒๔๗๓ ต่อมาทางราชการแต่งตั้งให้  นายณรงค์  เทศประสิทธิ์  มาดูแลและควบคุมการก่อสร้างอาคารเรียนและได้ดำรงตำแหน่ง  ครูใหญ่ โรงเรียนในท้องที่อำเภอเซกา ตำบลซาง   ตำบลท่ากกแดง  ตำบลโพธิ์หมากแข้ง  และตำบลดงบัง รวม ๕ ตำบล  การดูแลเป็นไปด้วยความเรียบร้อยตามความมุ่งหมายของทางราชการ 

                โรงเรียนอนุบาลเซกา  ชื่อเดิมคือ “โรงเรียนประชาสงเคราะห์”  กรมสามัญ  กระทรวง ศึกษาธิการ  ต่อมาได้เปลี่ยนชื่อเป็น  “โรงเรียนบ้านเซกา”  ต่อมาเมื่อ พ.ศ. ๒๕๔๒  คณะกรรมการการประถมศึกษา  จังหวัดหนองคาย (กปจ.)  ได้เปลี่ยนชื่อโรงเรียนตามโครงการพัฒนาประสิทธิภาพการจัดการศึกษาให้ทัดเทียมกันกับโรงเรียนเครือข่ายอนุบาลหนองคาย  จึงเปลี่ยนชื่อโรงเรียนใหม่ตามประกาศของ กปจ.หนองคาย  ลงวันที่ ๒๙  ตุลาคม พ.ศ. ๒๕๔๓  เป็น “โรงเรียนอนุบาลเซกา”  ชื่อย่อ อ.ซ.ก.  จนถึงปัจจุบัน (โดยให้มีผลตั้งแต่ วันที่  ๒๗  ตุลาคม พ.ศ. ๒๕๔๒)  โรงเรียนอนุบาลเซกา  เป็นโรงเรียนขนาดใหญ่  เปิดทำการเรียนการสอนสอน ๒ ระดับคือระดับก่อนประถมศึกษาและระดับประถมศึกษา   เปิดทำการสอนตามหลักสูตรการศึกษาปฐมวัย พ.ศ. ๒๕๔๖ เป็นโรงเรียนศูนย์เด็กปฐมวันต้นแบบ    ของสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาบึงกาฬและหลักสูตรการศึกษาขั้นพื้นฐานพุทธศักราช ๒๕๔๔  โดยเป็นโรงเรียนเครือข่ายหลักสูตรของกระทรวงศึกษาธิการ ตามประกาศ สปช. ลงวันที่ ๑๗ พฤษภาคม พ.ศ. ๒๕๔๕ โรงเรียนอนุบาลเซกา สังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาบึงกาฬ  สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐานกระทรวงศึกษาธิการ  ได้รับการคัดเลือกให้เป็นโรงเรียนต้นแบบการใช้หลักสูตรแกนกลางการศึกษาขั้นพื้นฐาน พุทธศักราช  ๒๕๕๑ ปัจจุบันได้ใช้หลักสูตรดังกล่าวครบทุกชั้นตั้งแต่ปีการศึกษา ๒๕๕๒ เป็นต้นมา