โรงเรียนบ้านเหล่าหนองยางตั้งขึ้นเมื่อ พ. ศ. 2474 ตั้งอยู่หมู่ที่ 8 บ้านเหล่า ตำบลหนองทุ่ม อำเภอเซกา จังหวัดหนองคาย (ปัจจุบัน จังหวัดบึงกาฬ) โดยอาศัยศาลาการเปรียญวัดบ้านกุดสิม เป็นที่ตั้งของโรงเรียน ใช้ชื่อว่าโรงเรียนบ้านเหล่ากุดสิม ทำการสอนนักเรียนตั้งแต่ชั้นประถมปีที่ 1 ถึงชั้นประถมปีที่ 4   มีนายปรีชา  ปิ่นสูรย์ เป็นครูใหญ่ จนถึงวันที่ 24 มิถุนายน พ.ศ. 2511 ได้แยกโรงเรียนจากบ้านกุดสิม  มาตั้งในที่ดินที่ชาวบ้านสงวนไว้  จำนวน 15 ไร่  และราษฎรบริจาคอีกจำนวน 13 ไร่ 2 งาน 81 ตารางวา รวม 28  ไร่ 2 งาน 81  ตารางวา ซึ่งตั้งอยู่ระหว่างบ้านเหล่ากับบ้านหนองยาง  มีหมู่บ้านในเขตบริการของโรงเรียน  2  ตำบล  3  หมู่บ้าน ได้แก่ บ้านเหล่าหมู่  8 บ้านมงคลพัฒนา หมู่ 11 ตำบลหนองทุ่ม และบ้านหนองยาง หมู่ 5 ตำบลซาง อำเภอเซกา จังหวัดบึงกาฬ  จึงได้ชื่อว่าโรงเรียนบ้านเหล่าหนองยาง ตั้งแต่บัดนั้นเป็นต้นมา โดยมีนายเสนอ เพ็งคำ เป็นครูใหญ่ คนแรก

       ในปี 2512 องค์การบริหารส่วนจังหวัดหนองคาย ได้ให้งบประมาณปลูกสร้างอาคารเรียนแบบถาวรจำนวน 1 หลัง 3 ห้องเรียน

       ในปี  2518 ได้เปิดขยายการศึกษา ถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ 6 ในปี 2519 ได้รับงบประมาณปลูกสร้างอาคารเรียนถาวร แบบ ป.1 ฉ จำนวน 1 หลัง 8 ห้องเรียน

       ในปี 2528 ได้รับงบประมาณต่อเติมด้านข้างอีก 2 ห้อง  ต่อมาได้รับงบประมาณก่อสร้างอาคารเรียน แบบ สปช. 105/2529 จำนวน 4 ห้องเรียน มีนายสมเดช ปิ่นสูรย์ ดำรงตำแหน่งผู้บริหารโรงเรียน

       โรงเรียนบ้านเหล่าหนองยาง ได้ดำเนินงานโครงการด้วยรักและห่วงใย ในพระราชูปถัมภ์สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ในปีการศึกษา 2530 และได้ดำเนินงานอย่างต่อเนื่องในการปลูกพืช เลี้ยงสัตว์ เพื่อสนับสนุนการจัดทำอาหารกลางวันเลี้ยงนักเรียน จนถึงปีการศึกษา 2540 ได้รับคัดเลือกให้ดำเนินงานโครงการตามพระราชดำริสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารีอีกหลายโครงการ ในปี 2540 ได้เข้าสู่โรงเรียนปฏิรูปการศึกษาและได้รับงบประมาณ ในการปรับปรุงห้องปฏิบัติการทางภาษา   ห้องปฏิบัติการคอมพิวเตอร์ และห้องปฏิบัติการห้องวิทยาศาสตร์

       ในปี 2544 ได้ปรับปรุงตำแหน่งผู้บริหารสถานศึกษาจากตำแหน่งอาจารย์ใหญ่เป็นตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียน ตามหลักเกณฑ์คุณภาพและผ่านการประเมินของ ก.ค. เมื่อวันที่ 1 ตุลาคม 2544

       โรงเรียนบ้านเหล่าหนองยางได้รับรางวัลดีเด่นของสำนักงานการประถมศึกษาอำเภอเซกา จังหวัดหนองคายและสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาหนองคาย เขต 3 ได้แก่ ปีการศึกษา 2540 รางวัลชนะเลิศ โรงเรียนจัดกิจกรรมกายบริหารแม่ไม้มวยไทยดีเด่น โรงเรียนส่งเสริมการจัดกิจกรรมยุวทูตความดี อำเภอเซกาปี 2546 โรงเรียนส่งเสริมสุขภาพดีเด่น จากสำนักงานสาธารณสุขจังหวัดหนองคาย ปี พ.ศ. 2546

       รางวัลเหรียญทอง ระดับภาคตะวันออกเฉียงเหนือ กิจกรรมเล่านิทานคุณธรรม ระดับ ป.4-6 ปีการศึกษา 2552 แข่งขันที่จังหวัดอุบลราชธานี รางวัลเหรียญทอง ระดับภาคตะวันออกเฉียงเหนือ กิจกรรมประกวดมารยาทไทย ระดับ ป.4-6 ปีการศึกษา 2554 แข่งขันที่จังหวัดมหาสารคาม   

       ปัจจุบันโรงเรียนบ้านเหล่าหนองยาง ได้จัดกิจกรรมการเรียนการสอนตั้งแต่ระดับปฐมวัยถึงระดับประถมศึกษา มีจำนวนนักเรียนทั้งสิ้น 121 คน แบ่งเป็น 8 ห้องเรียน ผู้บริหารโรงเรียน จำนวน  1 คน ครู  จำนวน 8 คน ลูกจ้างชั่วคราว  จำนวน 3 คน อาคารเรียน  2  หลัง อาคารประกอบ  5  หลัง  มีห้องปฏิบัติการทางภาษา ห้องปฏิบัติการวิทยาศาสตร์ และห้องปฏิบัติการคอมพิวเตอร์