โรงเรียนบ้านห้วยดอกไม้ ตั้งขึ้นเมื่อวันที่ ๑๗ สิงหาคม ๒๕๐๒ โดย นายพรรณ พิมพ์ศักดิ์ นายอำเภอบึงกาฬ แต่งตั้งให้ นายแพง ธรรมกิจ เป็นครูใหญ่ นายบุญมี ผาตรี เป็นผู้ใหญ่บ้าน เริ่มแรกอาศัยศาลาการเปรียญวัดศรีมงคลสำราญเป็นสถานที่เล่าเรียน ต่อมา เมื่อวันที่ ๑ กุมภาพันธ์ ๒๕๑๐ ได้ย้ายโรงเรียนมาตั้งที่ริมห้วยดอกไม้
ปัจจุบันโรงเรียนบ้านห้วยดอกไม้ เปิดทำการเรียนการสอนตามโครงการเรียนร่วมระหว่างโรงเรียนบ้านห้วยดอกไม้และโรงเรียนบ้านท่าอินทร์แปลง โดยโรงเรียนบ้านห้วยดอกไม้สอนระดับชั้นประถมศึกษาปีที่ ๑ – ๒ และชั้นประถมศึกษาปีที่ ๖ โรงเรียนบ้านท่าอินทร์แปลงสอนระดับชั้นประถมศึกษาปีที่ ๓ – ๕ และระดับชั้นอนุบาล ๑ – ๒ เรียนที่โรงเรียนเดิม