โรงเรียนบ้านนาคำนาใน ได้รับอนุมัติให้จัดตั้งขึ้นเมื่อวันที่ ๑  ตุลาคม ๒๕๐๐ โดย นายพรรณ พิมศักดิ์  นายอำเภอบึงกาฬเป็นประธานในพิธีเปิดโรงเรียนอย่างเป็นทางการ

นายจอม  นามการ ผู้ใหญ่บ้านเป็นประธานจัดงาน โดยประกอบพิธีเปิดโรงเรียนที่ศาลาวัดเก่าซึ่งอยู่ทางทิศตะวันออกของหมู่บ้าน ได้อาศัยศาลาวัดชั่วคราวเป็นสถานที่เรียน

และจัดการเรียนการสอนตั้งแต่ชั้นประถมศึกษาปีที่ ๑ ถึง ชั้นประถมศึกษาปีที่ ๔  วันที่ ๑ เดือนพฤษภาคม พ.ศ. ๒๕๐๙ ได้ย้ายโรงเรียนมาอยู่ในสถานที่ปัจจุบัน มีเนื้อที่ ๙ ไร่  ๗ ตารางวา

ปีการศึกษา ๒๕๔๑ จัดการเรียนการสอนตั้งแต่ชั้นอนุบาลปีที่ ๑  ถึง  ชั้นประถมศึกษาปีที่ ๖

          ปัจจุบันโรงเรียนบ้านนาคำนาใน สังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาบึงกาฬ สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน กระทรวงศึกษาธิการ

และโรงเรียนดำรงอยู่ได้ด้วยเงินงบประมาณของทางราชการ