โรงเรียนบ้านนายาง ก่อตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 20 พฤษภาคม 2503 โดยกองกำกับการตำรวจตระเวณชายแดน เขต 4 เป็นผู้ก่อตั้ง ด้วยเงินโดยเสด็จพระราชกุศลสมเด็จพระศรีนครินทราบรมราชชนนี และเงินสมทบจาก คุณหญิงแสวิชิตวงศ์ วุฒิไกร เดิมชื่อว่า “โรงเรียน ต.ช.ด. สงเคราะห์ 1 บ้านนายาง ” มี พื้นที่ 9 ไร่ 3 งาน โดยมี สิบตำรวจเอกเคน พิชัยช่วง เป็นครูใหญ่คนแรก
เมื่อวันที่ 15 เดือน พฤษภาคม พ.ศ. 2510 กองกำกับการตำรวจตระเวณชายแดน เขต 4 ได้มอบและโอนโรงเรียนมาสังกัดองค์การบริหารส่วนจังหวัดหนองคาย นายวิจิตร หมื่นเรือคำ ดำรงตำแหน่ง ครูใหญ่ เปิดทำการสอนตั้งแต่ชั้นประถมศึกษา ปีที่ 1-4
วันที่ 2 เดือน ตุลาคม พ.ศ. 2523 นายมนูญ นาคมนต์ ผู้ช่วยครูใหญ่โรงเรียนบ้านนายาง รักษาการในตำแหน่งครูใหญ่ เนื่องจาก นายวิจิตร หมื่นเรือคำ ย้ายไปดำรงตำแหน่งครูใหญ่โรงเรียนบ้านโนนสวรรค์ ตามหนังสือคำสั่งที่ นค. 53/4950 ซึ่งนายมนูญ นาคมนต์ ก็ได้รับการแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งครูใหญ่ในเวลาต่อมา
ปีการศึกษา 2527 คณะครู - คณะกรรมการศึกษา พร้อมชาวบ้านได้ร่วมบริจาคเงินสร้างห้องสมุดให้โรงเรียน 1 หลัง เป็นเงิน 43,250 บาท ขณะนั้นมีข้าราชการครูทั้งสิ้น 17 คน นักเรียน 306 คน และนักการภารโรง 1 คน
ปีงบประมาณ 2531 ได้รับงบประมาณก่อสร้างอาคารเรียน แบบ สปช. 105/29 จำนวน 1 หลัง พร้อมครุภัณฑ์ และบ่อเลี้ยงปลา แบบ สปช. อีก 1 บ่อ
ปีการศึกษา 2536 ได้รับการอนุญาตให้เปิดเป็นโรงเรียนขยายโอกาสทางการศึกษา มีนักเรียนชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 1 รุ่นแรก จำนวน 46 คน
ปี 2537 ได้ร่วมกับชุมชน หน่วยงานทางราชการ ห้างร้าน และเอกชนทั่วไป ซื้อที่ดินด้านหลังโรงเรียนเพิ่มอีก จำนวน 9 ไร่ 2 งาน 66 ตารางวา เป็นเงิน 100,000 บาท ซึ่งรวมเป็นที่ดินของโรงเรียนทั้งสิ้น 19 ไร่ 1 งาน 66 ตารางวา
ในปีการศึกษา 2539 ได้ขออนุญาตรื้ออาคารเรียนหลังแรก ที่กองกำกับการตำรวจตระเวณชายแดน เขต 4 สร้างให้ ซึ่งชำรุดเนื่องจากก่อสร้างมานาน สร้างเป็นอาคารถาวรชั้นเดียว ครึ่งไม้ครึ่งปูน ขนาด 4 ห้อง รวมค่าวัสดุ-อุปกรณ์ แรงงาน คิดเป็นเงิน 150,000 บาท
ปีงบประมาณ 2541 นายมนูญ นาคมนต์ ได้รับการแต่งตั้งให้เป็นผู้อำนวยการโรงเรียน โดยมีผลตั้งแต่ วันที่ 15 เดือน ธันวาคม พ.ศ. 2540
วันที่ 1 เดือน ตุลาคม พ.ศ. 2543 นายโกศล นิลแสงศรี ผู้ช่วยผู้อำนวยการโรงเรียนรักษา การในตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านนายาง ถึงวันที่ 1 เดือน พฤศจิกายน พ.ศ. 2543
วันที่ 2 เดือน พฤศจิกายน พ.ศ. 2543 นายประครอง มิทะลา อาจารย์ใหญ่โรงเรียนบ้านสามัคคีชัย ย้ายมาดำรงตำแหน่งอาจารย์ใหญ่โรงเรียนบ้านนายาง ตามคำสั่งสำนักงานการประถมศึกษาจังหวัดหนองคาย ที่ 379/2543
วันที่ 7 เดือน กรกฎาคม พ.ศ. 2546 กระทรวงศึกษาธิการได้ประกาศใช้ระบบปฏิรูปการศึกษาตามพระราชบัญญัติการศึกษาแห่งชาติ พ.ศ. 2542 โดยแบ่งเขตพื้นที่การศึกษาของประเทศไทยออกเป็น 175 เขต โรงเรียนบ้านนายางอยู่ในเขตพื้นที่การศึกษาหนองคาย เขต 2 ตั้งแต่บัดนั้นเป็นต้นมา
วันที่ 3-4 และ 8 เดือน มีนาคม พ.ศ. 2547 โรงเรียนได้รับการประเมินคุณภาพภายนอกจากสำนักงานรับรองมาตรฐานและประเมินคุณภาพการศึกษา (องค์การมหาชน) หรือ สมศ. ในรอบแรก
วันที่ 14 – 16 เดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2550 โรงเรียนได้รับการประเมินคุณภาพภายนอกจากสำนักงานรับรองมาตรฐานและประเมินคุณภาพการศึกษา (องค์การมหาชน) หรือ สมศ. ในรอบที่ สอง
ปีการศึกษา 2553 โรงเรียนได้เริ่มใช้หลักสูตรโรงเรียนบ้านนายาง พ.ศ. 2553 ตามหลักสูตรแกนกลางการจัดการศึกษาขั้นพื้นฐาน พ.ศ. 2551
ได้ผ่านการรับรองโรงเรียนส่งเสริมสุขภาพระดับทอง
วันที่ 30 เดือนกรกฎาคม ถึง วันที่ 1 เดือน สิงหาคม พ.ศ. 2555 โรงเรียนได้รับการประเมินคุณภาพภายนอกจากสำนักงานรับรองมาตรฐานและประเมินคุณภาพการศึกษา (องค์การมหาชน) หรือ สมศ. ในรอบที่สามและได้รับการรับรองมาตรฐาน
ปีการศึกษา 2558 โรงเรียนเข้าร่วมโครงการ เครือข่ายโรงเรียนสุจริตและนำร่องโรงเรียนประชารัฐ
วันที่ 6 เดือน มกราคม พ.ศ. 2558 นายชาญชัย ไชยคำภา ผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านตัวอย่าง ย้ายมา ตำรงตำแหน่ง ผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านนายาง ตามคำสั่งสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาหนองคาย เขต 2
ปีการศึกษา 2561 โรงเรียนเข้าร่วมโครงการ โรงเรียนคุณภาพ และเริ่มใช้หลักสูตรโรงเรียนบ้านนายาง พ.ศ. 2561 ตามหลักสูตรแกนกลางการศึกษาขั้นพื้นฐาน พ.ศ. 2551(ฉบับปรุบปรุง พ.ศ.2560)
ปัจจุบันโรงเรียนบ้านนายาง สังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาหนองคาย เขต 2 สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน เปิดทำการสอน 3 ระดับ คือ ระดับก่อนประถมศึกษา ระดับประถมศึกษา และระดับมัธยมศึกษาตอนต้น มีหมู่บ้านในเขตบริการ 3 หมู่บ้าน คือหมู่ที่ 7 บ้านนายาง หมู่ที่ 11 บ้านโนนสำราญและหมู่ที่ 17 บ้านคลองสาร