โรงเรียนอนุบาลหนองควายก่อตั้งเมื่อปี พ.ศ. ๒๕๐๓ ณ บ้านหนองควายหมู่ที่ ๑๔ ตำบลจุมพล อำเภอโพนพิสัย จังหวัดหนองคาย โดยอาศัยวัดไทรทองวนารามเป็นสถานที่และอาคารเรียน ต่อมาอำเภอโพนพิสัย แยกตำบลออกเป็นตำบลหนองหลวง โรงเรียนบ้านหนองควายจึงมาขึ้นกับตำบลหนองหลวง
ปี พ.ศ. ๒๕๑๒ โรงเรียนบ้านหนองควายได้ย้ายจากวัดไทรทองวนาราม มาตั้งในสถานที่ปัจจุบัน โดยได้รับบริจาคที่ดิน จำนวน ๓๓ ไร่ ๑ งาน ๖๐ ตารางวา จาก นายน้อย สิงหา พร้อมด้วยครอบครัว และชาวบ้านหนองควายช่วยกันบริจาคเงินทอง แรงกายสร้างอาคารเรียน จำนวน ๑ หลัง ( อาคารปฐมฤกษ์ในปัจจุบัน) เปิดทำการสอน ป. ๑– ป. ๔
ปี พ.ศ. ๒๕๑๗ โรงเรียนเปิดทำการสอน ป.๑ – ป. ๗ ตามโครงสร้างทางการศึกษาที่กฎหมายกำหนด
ปี พ.ศ. ๒๕๔๒ โรงเรียนบ้านหนองควาย ได้รับการคัดเลือกให้เป็นโรงเรียน อนุบาลเครือข่าย สหวิทยาเขตมหามงคล ของกิ่งอำเภอเฝ้าไร่ และได้เปลี่ยนชื่อ จากโรงเรียนบ้านหนองควายมาเป็น โรงเรียนอนุบาลหนองควาย จนถึงปัจจุบัน
โรงเรียนอนุบาลหนองควาย เปิดทำการสอนตั้งแต่ชั้นระดับก่อนประถมศึกษาปีที่ ๑ จนถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ ๖ ปีการศึกษา ๒๕๖๑ มีจำนวนนักเรียนทั้งหมด จำนวน ๖๘๙ คน จำนวน ๒๕ห้องเรียน และจำนวนข้าราชการครู ๒๕ คน เจ้าหน้าที่ธุรการ ๑ คน ครูพี่เลี้ยง ๒ คน
ปัจจุบัน นางวงษา เวียนนอก ดำรงตำแหน่ง รองฯ รักษาการในตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนอนุบาลหนองควาย