โรงเรียนบ้านหนองปลาตองฯ  ตั้งขึ้นเมื่อวันที่  1  พฤศจิกายน  พ.ศ.  2481  โดยอาศัยวัดท่าคอย  บ้านหนองปลาตองเป็นสถานที่เรียน  มี  นายแดง  บลลา  เป็นครูใหญ่คนแรก  ทำการเรียนการสอนอยู่ที่วัดดังกล่าวได้  2  ปี  จึงย้ายมาเรียน  ณ  ที่ตั้งของโรงเรียนปัจจุบัน  ซึ่งขณะนี้มีอาคารเรียนแบบ  ป.1  จำนวน  2  ห้องเรียน  มีมุข  1  ห้อง  เป็นสถานที่เรียน  และถูกรื้อถอน  เมื่อวันที่  14 เดือน พฤษภาคม  2507  เพื่อสร้างอาคารใหม่ด้วยงบประมาณของรัฐบาล  จำนวน  30,000  บาท  (สามหมื่นบาทถ้วน)  โดยชาวบ้านหาไม้มาสมทบสร้าง  เป็นแบบ ป.1  ช.  สร้างเสร็จเมื่อวันที่  23  เดือน สิงหาคม  พ.ศ.  2507 

ปี  พ.ศ.  2509  โรงเรียนโอนไปสังกัดองค์การบริหารส่วนจังหวัดสกลนคร

ปี  พ.ศ.  2521  ได้รับงบประมาณสร้างอาคารเรียนแบบ  ป.1 ฉ. จำนวน  2  ห้องเรียน  งบประมาณ  160,000  บาท  (หนึ่งแสนหกหมื่นบาทถ้วน)

ปี  พ.ศ.  2522  ต่อเติมด้านข้างอาคารเรียนแบบ  ป.1  ฉ.2  ห้องเรียน  และสร้างบ้านพักครูหลังที่  1  สร้างส้วมหลังที่  1  แบบ  สปช.401  จำนวน  3  ที่นั่ง

1  ตุลาคม  2523  โรงเรียนไปสังกัดสำนักงานคณะกรรมการการประถมศึกษาแห่งชาติ  กระทรวงศึกษาธิการ

ปี  พ.ศ.  2523  ต่อเติมอาคารเรียนแบบ ป.1 ฉ. ชั้นล่าง  3  ห้องเรียน

ปี  พ.ศ.  2525  ต่อเติมอาคารเรียน แบบ  ป.1 ฉ. 1 ห้อง  สร้างโรงฝึกงานขนาด  7x17.5  เมตร  งบประมาณ  200,000  บาท  และนางนารี  สุคนธชาติ  สร้างซุ้มประตูราคา  5,000  บาท  และฐานเสาธง  ราคา  3,000  บาท

ปี  พ.ศ.  2528  สร้างถุงเก็บน้ำฝน  แบบ  ฝ.33  ราคา  55,000  และถังเก็บน้ำฝนแบบ  กสช.ฝ.5  ราคา  15,000  บาท

ปี  พ.ศ.  2530  กค.อนุมัติตำแหน่งผู้บริหารโรงเรียนเป็นตำแหน่งอาจารย์ใหญ่

ปี  พ.ศ.  2545  สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ  สยามบรมราชกุมารี  ทรงพระกรุณารับโรงเรียนเข้าโครงการพระราชดำริ

ปี  พ.ศ.  2545  กค.อนุมัติตำแหน่งผู้บริหารโรงเรียนเป็นผู้อำนวยการโรงเรียน

7  กรกฎาคม  พ.ศ.  2546  มีการปรับปรุงกระทรวงศึกษาธิการ  โรงเรียนจึงโอนไปสังกัด  สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน  และสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาสกลนคร เขต 1

ปีงบประมาณ  2548  ได้รับงบประมาณจากสำนักพระราชวังสร้างอาคารเรียน  "อาคารพระราชทาน"  แบบ  สปช.105/29  จำนวน  4  ห้องเรียน  ใต้ถุนโล่ง  งบประมาณ  1,800,000  บาท  ควบกับถุงเก็บน้ำฝน  แบบ ฝ.33  ราคา  50,000  บาท  รวมเป็นเงินในสัญญา  1,580,000  บาท  และ  1  กุมุภาพันธุ์  พ.ศ.  2549  สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ  สยามบรมราชกุมารี  เสด็จทรงเปิดป้ายอาคารหลังนี้

25  สิงหาคม  พ.ศ.  2549  คณะครู  ผู้แทนกระทรวงศึกษาธิการและผู้บริหารจากประเทศกัมพูชา  จำนวน  16  คน  เข้าศึกษาดูงานด้านการจัดผังการเกษตร

ปี  พ.ศ.  2553  ภาคเรียนที่  1  จัดทำเวที  1  สำหรับการแสดงของนักเรียน  และภาคเรียนที่  2  ปีเดียวกัน  ปรับปรุงส้วมนักเรียนและส้รางอ่างล้างมือเอนกประสงค์