รงเรียนบ้านโคกกลาง ตั้งขึ้นเมื่อวันที่ ๑ กรกฎาคม พ.ศ.๒๕๒๓ โดยท่านบาทหลวงนิยุติ   ศรีอ่อน เป็นตัวแทนของทางราชการเนื่องจากในสมัยนั้นทางราชการไม่สามารถเข้าถึงพื้นที่ได้เพราะปัญหาทางการเมือง จึงต้องอาศัยความร่วมมือจากทางศาสนาช่วยเหลือ ครั้งแรกเปิดทำการสอนในระดับชั้นประถมศึกษาปีที่ ๑ ต่อมาจึงขยายถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ ๖ โดยเริ่มแรกให้เป็นโรงเรียนสาขาของโรงเรียนบ้านจันทร์เพ็ญ มีนายชาญชัย   งอยผาลา เป็นครูใหญ่และอาศัยศาลาวัดคริสต์เป็นสถานที่เรียน

วันที่ ๑ พฤษภาคม พ.ศ.๒๕๒๕ โรงเรียนบ้านโคกกลางได้รับอนุมัติจัดตั้งให้เป็นโรงเรียนเอกเทศในที่ราชพัสดุ   และในปี พ.ศ.๒๕๔๐ เปิดสอนระดับมัธยมศึกษาตอนต้นเป็นปีแรก 

โรงเรียนบ้านโคกกลาง ขณะนี้เป็นโรงเรียนขยายโอกาสขนาดเล็ก จัดการศึกษาประเภทสหศึกษา เปิดสอนในระดับชั้นอนุบาลปีที่ ๑ – ชั้นมัธยมศึกษาปีที่ ๓ สังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาสกลนคร เขต ๑เปิดทำการสอนย่างเข้าปีที่ ๓๔ มีการพัฒนาและเจริญเติบโตอย่างต่อเนื่อง ในปี พ.ศ.๒๕๔๕ ได้รับการคัดเลือกให้เป็นโรงเรียนขยายผล โครงการ “ยุวทูตความดี เฉลิมพระเกียรติพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว เนื่องในโอกาสพระราชพิธีมหามงคลเฉลิมพระชนมพรรษา ๖ รอบ ๕ ธันวาคม ๒๕๔๒” รุ่นที่ ๑ (พ.ศ.๒ค๔๔-๒๕๔๕) จากกระทรวงการต่างประเทศและกระทรวงศึกษาธิการ ปี พ.ศ.๒๕๕๑ ได้รับรางวัลชนะเลิศองค์ความรู้กิจกรรม

ยุวเกษตรกร ระดับจังหวัดสกลนคร เนื่องในวโรกาสสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี เสด็จพระราชดำเนินเป็นองค์ประธาน “งานชุมนุมยุวเกษตรกรในเขตปฏิรูปที่ดิน พุทธศักราช ๒๕๕๑” จากกรมส่งเสริมการเกษตร กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ และในปี พ.ศ.๒๕๕๔ ได้รับการคัดเลือกให้เป็นสถานศึกษาแบบอย่างการจัดกิจกรรมการเรียนรู้และบริหารจัดการ ตามหลักปรัชญาของเศรษฐกิจพอเพียง ประจำปี ๒๕๕๔ “สถานศึกษาพอเพียง ๒๕๕๔” จากกระทรวงศึกษาธิการ

โรงเรียนบ้านโคกกลาง  ปัจจุบันมี  นายปิยณัฐ วงศ์เครือศร  เป็นผู้อำนวยการโรงเรียน  มีข้าราชการครู  ๑๔  คน  ครูอัตราจ้าง  ๑  คน  นักการภารโรง  ๑  คน  และมีนักเรียน  139  คน