โรงเรียนบ้านน้ำพุคุรุราษฎร์สงเคราะห์  เดิมเรียนร่วมกับ  โรงเรียนท่าศาลาราษฎร์วิทยา    และต่อมาได้แยกตัวออกมาตั้งเป็นโรงเรียนใหม่เมื่อวันที่  ๖ สิงหาคม  ๒๔๘๖ โดยระยะแรกอาศัยศาลาการเปรียญวัดศรีสะอาด  บ้านน้ำพุ  เป็นสถานที่ตั้งโรงเรียนโดยเปิดสอนตั้งแต่ชั้น ป. ๑ – ๔          ต่อมาในปี พ.ศ. ๒๕๐๒ ได้ย้ายมาปลูกสร้างอาคารเรียนในสถานที่แห่งใหม่ในที่ราชพัสดุเลขที่ สน ๙๒๙  ซึ่งอยู่ด้านทิศตะวันตกเฉียงใต้ของหมู่บ้านตามแนวความคิดของนายธงชัย  ไขไพวัน     ครูใหญ่คนแรก  และกลุ่มผู้นำหมู่บ้าน

                         วันที่  ๒๖  กันยายน  ๒๕๒๐  กรมสามัญศึกษา  กระทรวงศึกษาธิการ  ได้ตั้งชื่อโรงเรียนแห่งนี้ว่า  “โรงเรียนบ้านน้ำพุคุรุราษฎร์สงเคราะห์”

พ.ศ. ๒๕๒๓ โรงเรียนได้ย้ายสังกัด (ย้ายโอน) จากองค์การบริหารส่วนจังหวัด  กระทรวงมหาดไทย             มาสังกัดสำนักงานคณะกรรมการการประถมศึกษาแห่งชาติ  กระทรวงศึกษาธิการ และในวันที่ ๑ เมษายน  ๒๕๓๔  จังหวัดสกลนครประกาศแบ่งเขตการปกครองของอำเภอเมืองสกลนคร  แยกออกมาตั้งเป็น    กิ่งอำเภอโพนนาแก้ว  ดังนั้น  โรงเรียนซึ่งตั้งอยู่ในท้องที่เขตปกครองใหม่  จึงต้องแยกออกจากอำเภอเมืองสกลนคร  มาอยู่เขตปกครองอำเภอโพนนาแก้ว  จังหวัดสกลนคร  ตั้งแต่นั้นมา

                         ปีพ.ศ.  ๒๕๔๖  ได้มีการปฏิรูประบบราชการโดยยุบรวมหน่วยงานระดับกรมในกระทรวงศึกษาธิการเป็นหน่วยงานเดียวกัน  โดยยุบรวมกรมสามัญศึกษาและสำนักงานคณะกรรมการการประถมศึกษาแห่งชาติ  และตั้งชื่อว่า “สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน”   โรงเรียนบ้านน้ำพุคุรุราษฎร์สงเคราะห์  จึงโอนเข้าสังกัด  สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน  ตั้งแต่วันที่  ๑  กรกฎาคม  พ.ศ. ๒๕๔๖  เป็นต้นมา

                       ปัจจุบันโรงเรียนบ้านน้ำพุคุรุราษฎร์สงเคราะห์มี  นายอุทัน  วงศ์ศรียา ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียน  ตั้งแต่วันที่  ๑  มีนาคม  พ.ศ.  ๒๕๖๒