โรงเรียนบ้านต้นสำโรงเดิมตั้งอยู่ที่วัดไร่เกาะต้นสำโรง ตำบลพระประโทณเจดีย์ อำเภอเมืองนครปฐม จังหวัดนครปฐม ในสมัครหลวงธานินทร์ปฐมรัช เป็นนายอำเภอนครปฐมและขุนเชาวนปรีชาศึกษากร เป็นศึกษาธิการอำเภอ จัดตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 12 พฤษภาคม 2482 มีชื่อโรงเรียนว่าประชาบาลตำบลพระประโทน 2  (วัดไร่เกาะ) เปิดทำการสอนตั้งแต่ชั้น ป.1-ป.4 มีนักเรียน 47 คน นายประสิทธิ์ นิลพันธ์  เป็นครูใหญ่

5 พฤศจิกายน 2499 นายรังสรรค์  รังสิกุล นายอำเภอเมืองนครปฐม นายทิพย์  ฟักเจียม ศึกษาธิการจังหวัด และนายฟื้น มุสิกุล ศึกษาธิการอำเภอ ได้มาตรวจโรงเรียนเห็นว่าวัดนี้ศาลาเล็กมากไม่พอกับจำนวนนักเรียน นักเรียนต้องไปอาศัยเรียนตามใต้ถุนกุฎิพระ ประจวบกับโรงเรียนกงลิบจิ้นมิ้น ซึ่งเปิดทำการสอนภาษาจีนถูกทางราชการสั่งปิด คณะกรรมการโรงเรียนจึงดำเนินการยกให้เป็นสมบัติของกระทรวงศึกษาธิการ ตั้งแต่นั้นมาจึงเปลี่ยนชื่อโรงเรียนบ้านต้นสำโรง บนเนื้อที่ 1 ไร่ 2 งาน 20 ตารางวา

พ.ศ.2507  เริ่มสร้างอาคารถาวร วางศิลาฤกษ์ เมื่อวันที่ 30 เมษายน 2507 นายเกรียง เอี่ยมสกุล อธิบดีกรมสามัญศึกษามาเป็นประธาน โดยได้วัสดุเก่ามาจากโรงเรียนวัดประปฐมเจดีย์ (มหินทร์ศึกษาคาร) มาเป็นอาคารเรียน 2 ชั้น 10 ห้องเรียน ใช้งบประมาณของทางราชการ 100,000 บาท และประชาชนสมทบอีก 90,000 บาทเศษ การก่อสร้างแล้วเสร็จเมื่อวันที่ 27 กรกฎาคม 2508 นอกจากนี้ยังมีวัสดุเหลือและประชาชนบริจาคสมทบมาสร้างส้วมขนาด 6 ห้อง จำนวน 1 หลัง มอบให้โรงเรียน

พ.ศ.2517 สร้างอาคารเรียนแบบ 017 จำนวน 1 หลัง 4 ห้องเรียน ใช้งบประมาณ 290,000 บาท ประชาชนสมทบอีก 37,000 บาท

พ.ศ.2518 นายชัยพร  สิริอาภรณ์ ครูใหญ่ได้รับบริจาคจากประชาชนมาต่อเติมชั้นล่างของอาคารแบบ 017 กั้นเป็นห้องเรียน 1 ห้อง

พ.ศ.2520 ได้รับงบประมาณ 35,000 บาท สร้างส้วมแบบ 401 กรมสามัญศึกษา 5 ที่ พร้อมที่ปัสสาวะชาย

พ.ศ.2521 โรงเรียนได้รื้อถอนอาคารเรียน 2 ชั้น 10 ห้องเรียน จำนวน 1 หลัง และส้วมขนาด 6 ห้อง จำนวน 1 ห้อง

พ.ศ.2521 โรงเรียนได้รับงบประมาณก่อสร้างอาคารเรียนแบบ สปช.105/29 วงเงิน 1,834,0000 บาท

พ.ศ.2525 ได้รับงบประมาณต่อเติมอาคารเรียนแบบ สปช.105/29 ชั้นล่าง 4 ห้องเรียน วงเงิน 299,000 บาท

พ.ศ.2553 ได้รับเงินบริจาคจากประชาชน 150,000 บาท สร้างรั้วและประตูเข้าด้านหน้า