โรงเรียนวัดพระประโทณเจดีย์ เปิดทำการสอนเมื่อวันที่ 15 สิงหาคม พ.ศ. 2477 เดิมมีอาคารเรียนชั้นเดียว 6 ห้องเรียน
1 หลัง ต่อมาอาคารชำรุดทรุดโทรมมาก จึงต้องอาศัยศาลาการเปรียญเป็นที่เรียนชั่วคราวและได้บูรณะ ซ่อมแซม
และสร้างอาคารเรียนขึ้นมาใหม่ตามลำดับ จนถึงปัจจุบัน