โรงเรียนอนุบาลกำแพงแสน  เป็นโรงเรียนมัธยมสามัญกำแพงแสน จัดตั้งขึ้นเมื่อวันที่  1 พฤษภาคม พ.ศ. 2497 บนที่ดินของวัดสว่างชาติประชาบำรุง   ซึ่งได้รับการบริจาคที่ดินจาก นางสาริ้ว  วิมูลชาติ  จำนวน  97  ไร่  3  งาน  13  ตารางวา  และเป็นที่ดินส่วนของโรงเรียน จำนวน 9 ไร่  3 งาน เมื่อแรกเปิดการเรียนการสอนกำหนดหลักสูตร 3 ชั้น ได้แก่ ชั้นมัธยมศึกษา 1 – 3 ในระดับมัธยมศึกษา 1 มีนักเรียน 35 คน เป็นชาย    25 คน หญิง 10 คน นักเรียนเลขประจำตัว 1  คือ ด.ช.กุล กล่อมน้อย  และมีครู 2 คน คือ

นายเฉลิม สิทธิชัย และนายสวัสดิ์  นาถวรานันต์  โดยนายเฉลิม สิทธิชัย เป็นครูใหญ่คนแรก

              ปี พ.ศ. 2498 ได้รับงบประมาณ  2,300 บาท ปลูกสร้างอาคารชั่วคราว 1 หลัง
              ปี พ.ศ. 2499 ได้รับงบประมาณ 100,000 บาท ปลูกสร้างอาคารถาวรชั้นเดียว                 
              ปี พ.ศ. 2506 ได้สร้างโรงอาหารด้วยเงินบำรุงการศึกษา และเงินบริจาคของประชาชน
              ปี พ.ศ. 2508 ได้สร้างอาคารกึ่งถาวรอีก 1 หลังด้วยเงินบริจาค
              ปี พ.ศ. 2514 ได้รับงบประมาณ 320,000 บาท สร้างอาคาร แบบ 017 และต่อเติมชั้นล่างอีก 5 ห้องเรียนในเวลาต่อมา
              ปี พ.ศ. 2506 ได้โอนหลักสูตรมัธยมศึกษาที่เปิดสอนอยู่มาเป็นแบบประถมศึกษาตอนปลายตามแผนการศึกษาแห่งชาติพุทธศักราช 2503 มี 3 ชั้น ได้แก่ ชั้นประถมศึกษาปีที่ 5 – 7
              ปี พ.ศ. 2521 ได้เปิดทำการสอนตั้งแต่ชั้นอนุบาล 1 ถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ 6 ตามหลักสูตรประถมศึกษา พุทธศักราช 2521 มีนายสวัสดิ์ นาถวรานันต์ เป็นครูใหญ่ อาจารย์ใหญ่และผู้อำนวยการตามลำดับ และเกษียณอายุราชการเมื่อ 30 กันยายน 2539

             18 มีนาคม  2540  นายบุญกว้าง จอมแก้ว  ย้ายมาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนกำแพงแสน

              ปี พ.ศ. 2542 ได้รับการคัดเลือกเป็นโรงเรียนอนุบาลประจำอำเภอ เฉลิมพระเกียรติพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว เนื่องในวโรกาสมีพระชนมายุครบ 6 รอบ 72 พรรษา เป็นสหวิทยาเขตมหามงคล และได้รับอนุมัติจากนายอดิศัย โพธารามิก รัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการ ให้เปลี่ยนชื่อจาก “โรงเรียนกำแพงแสน” เป็น “โรงเรียนอนุบาลกำแพงแสน” เมื่อ วันที่ 17 พฤษภาคม 2548

              ในวันที่ 30 กันยายน  2549 นายบุญกว้าง จอมแก้ว  เกษียณอายุราชการ

              นางสาวปิยาภรณ์ รัตนากรกุล  จึงย้ายมาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนอนุบาลกำแพงแสน ตั้งแต่วันที่ 1 พฤศจิกายน 2549

              ณ  ปีเริ่มต้นที่ผู้อำนวยการปิยาภรณ์ รัตนากรกุล มาปฏิบัติราชการ  โรงเรียนอนุบาลกำแพงแสน  
มีอาคารเรียนถาวร 3 หลัง 30 ห้องเรียน อาคารอเนกประสงค์ 1 หลัง โดยมีการจัดการเรียนการสอนตั้งแต่ชั้นอนุบาล 1 ถึง ชั้นประถมศึกษาปีที่ 6 มีนักเรียนรวม 910 คน ข้าราชการครู 33 คน ครูจ้างสอน 1 คน นักการภารโรง 
1 คน       

             ปีการศึกษา 2554 ได้รับการคัดเลือกเป็นโรงเรียนดีประจำตำบลรุ่น 2 ได้รับงบประมาณมาพัฒนาโรงเรียนจำนวน 1,798,200 บาท โดยจัดสร้างอาคารหลังคาโค้ง 1 หลัง เป็นเงิน 1,181,300 บาทและปรับปรุงซ่อมแซมอาคารเรียนโดยปูพื้นกระเบื้องเคลือบเซรามิค พื้นที่ 458 ตารางเมตร ที่เหลือพัฒนาสื่อในห้องสมุด
ในปีการศึกษานั้น

             ปีการศึกษา 2555 ได้รับโล่ ผ่านการประเมินเป็นโรงเรียนดี ศรีตำบลและได้รับงบประมาณจัดสร้างอาคารเรียนแบบ สพฐ.1 (อาคารเรียน 4 ชั้น 15 ห้องเรียน ใต้ถุนโล่ง) 14,548,000 บาท ดำเนินการส่งมอบงาน เมื่อ 17 เมษายน 2557

            ปีงบประมาณ 2557  ได้รับงบประมาณจัดสร้างอาคารเรียน สปช.105/29 (อาคารเรียน 2 ชั้น 10 ห้องเรียน) งบประมาณ 4,799,100 บาท โรงเรียนหางบประมาณสมทบอีก 1,000,000 บาท ดำเนินการก่อสร้างแล้วเสร็จเมื่อ 20 มกราคม 2559

            ในปีการศึกษา 2558 โรงเรียนได้เปิดการเรียนการสอนห้องพิเศษ (ด้านภาษาอังกฤษ)โดยการอนุมัติของสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษานครปฐม เขต 1 ในชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 ปีการศึกษา 2559 โรงเรียนได้รับอนุมัติจากสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐานเปิดการเรียนการสอนห้องเรียนพิเศษ ด้านภาษาอังกฤษ (Mini English Program) ในชั้นประถมศึกษาปีที่ 1ปี 2561 ได้รับการคัดเลือกให้เข้าร่วมโครงการโรงเรียนคุณภาพประจำตำบล(1 ตำบล 1โรงเรียนคุณภาพ) และ ได้รับโล่รางวัลโรงเรียนปลอดขยะ(Zero Waste School)
          ปีการศึกษา 2550 โรงเรียนอนุบาลกำแพงแสนมีจำนวนนักเรียนเพิ่มขึ้นทุกปี กล่าวคือ ปีการศึกษา 2549 มี 910 คน ปีการศึกษา 2550-2561 มีจำนวนนักเรียน 913 คน,914 คน,921 คน, 972 คน 1,050 คน 1,153  คน 1,239 คน 1,305 คน 1,414 คน 1,489 คน 1,550 คน  1591 คนตามลำดับ

            ปีงบประมาณ 2562 ได้รับการจัดสรรงบประมาณสร้างอาคารเรียนอนุบาล 3 ห้องเรียน จำนวน 5,200,000 บาท พร้อมใช้ปีการศึกษา 2563

            ปีการศึกษา 2563 มีจำนวนลดลงเล็กน้อย เปิดการเรียนการสอนภาคปกติชั้นอนุบาล1-ชั้นประถมศึกษาปีที่ 6 และภาคเรียนพิเศษ ( MEP: ชั้นประถมศึกษาปีที่ 1-5  ห้องเรียนพิเศษ(PRE-MEP) ชั้นประถมศึกษาปีที่ 6 มี ข้าราชการครู 63 คน ครูจ้างสอน 5 คนครูชาวต่างชาติ 9 คน เป็นชาวอังกฤษ 2 คน  อเมริกัน 1 คน ออสเตรเลีย 1 คน ฟิลิปินส์ 4 คน เคนย่า 1คนเจ้าหน้าที่ธุรการ 1คน  พี่เลี้ยงเด็กพิเศษ จำนวน 1 คน พี่เลี้ยงเด็กปฐมวัย จำนวน 4 คน พี่เลี้ยงห้อง MEP 1 คน  นักการภารโรง จำนวน 1 คน รวมข้าราชการครูและบุคลากรในโรงเรียนจำนวน 86 คน มีจำนวนนักเรียนตั้งแต่ชั้นอนุบาล 1 ถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ 6 จำนวนทั้งสิ้น 1,571 คน(ข้อมูล ณ วันที่ 12 มิถุนายน 2563)

            ปีการศึกษา 2564 บริหารงานโดยนายวิริทธิ์ธรรศ สิริอาภรณ์ ผู้อำนวยการโรงเรียนอนุบาลกำแพงแสน มีจำนวนลดลงเล็กน้อย เนื่องจากสถานการณ์การแพร่ระบาดไวรัสโคโรน่า  เปิดการเรียนการสอนภาคปกติชั้น อนุบาล 1-ป.6 และภาคเรียนพิเศษ  ( MEP: ชั้นประถมศึกษาปีที่ 1-6 ) มีผู้บริหาร 4 คน  ข้าราชการครู 63 คน ครูจ้างสอน 6 คน  คนครูชาวต่างชาติ 7 คน  เป็นชาวอังกฤษ 1 คน ฟิลิปปินส์ 4 คน เคนย่า 2 คน เจ้าหน้าที่ธุรการ 1 คน  พี่เลี้ยงเด็กพิการ 1 คน  พี่เลี้ยงเด็กปฐมวัย 3 คน  พี่เลี้ยงห้อง MEP 2 คน  นักการภารโรง 1 คน รวมข้าราชการครูและบุคลากรในโรงเรียนจำนวน 84 คน มีจำนวนนักเรียนตั้งแต่ชั้นอนุบาล 1 ถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ 6 จำนวนทั้งสิ้น 1,551 คน (ข้อมูล ณ วันที่ 12 มิถุนายน 2564)

            ปีการศึกษา 2567 บริหารงานโดยนางสาว ฉันทนา ภุมมา ผู้อำนวยการโรงเรียนอนุบาลกำแพงแสน และรองผู้อำนวยการ 3 ท่าน เปิดการเรียนการสอนภาคปกติชั้น อนุบาล 1-ป.6 และภาคเรียนพิเศษ ( MEP: ชั้นประถมศึกษาปีที่ 1-6 ) ข้าราชการครู 63 คน ครูจ้างสอน 6 คน  คนครูชาวต่างชาติ 7 คน เป็นชาวอเมริกา 1 คน รัสเซีย 1 คน ฟิลิปปินส์ 4 คน เคนย่า 1 คน เจ้าหน้าที่ธุรการ 1 คน  พี่เลี้ยงเด็กพิการ - คน  พี่เลี้ยงเด็กปฐมวัย 4 คน พี่เลี้ยงห้อง MEP 2 คน นักการภารโรง 1 คน รวมข้าราชการครูและบุคลากรในโรงเรียนจำนวน 84 คน มีจำนวนนักเรียนตั้งแต่ชั้นอนุบาล 1 ถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ 6 จำนวนทั้งสิ้น 1,467 คน (ข้อมูล ณ วันที่ 8 พฤษจิกายน  2567)