โรงเรียนวัดหนองโพธิ์(ศิลปวิทยาคม) ก่อตั้งเมื่อเดือน มิถุนายน 2482 โดยพระภิกษุสิน สุนทโร เจ้าอาวาสวัดหนองโพธิ์ มีนายสำราญ อยู่อินทร์ เป็นครูใหญ่คนแรก พ.ศ. 2534 โรงเรียนได้รับนโยบายให้เป็นโรงเรียนขยายโอกาสรุ่นแรก และในปีนี้โรงเรียนได้ รับรางวัลโรงเรียนดีเด่นในระดับจังหวัด พ.ศ. 2537 โรงเรียนเปิดทำการสอน 3 ระดับ ตั้งแต่ อนุบาล 1 ถึง มัธยมศึกษาปีที่ 3 พ.ศ. 2546 โรงเรียนเริ่มใช้หลักสูตรการศึกษาขั้นพื้นฐานพุทธศักราช 2544 เป็นปีแรก ในประถมศึกษาปีที่ 1 ชั้นประถมศึกษาปีที่ 4 และชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 1 พ.ศ. 2547 โรงเรียนได้รับการประเมิน และคัดเลือกเป็นสถานศึกษา รับรางวัลพระราชทาน ประจำปีการศึกษา 2547 พ.ศ. 2548 โรงเรียนยุวฑูตความดี โรงเรียนแกนนำวิถีพุทธ โรงเรียนแกนนำการจัดการเรียนร่วม พ.ศ. 2551 โรงเรียนได้รับการคัดเลือกเป็นโรงเรียน 3D พ.ศ. 2552 โรงเรียนเริ่มใช้หลักสูตรการศึกษาขั้นพื้นฐาน พุทธศักราช 2551 เป็นปีแรก ในชั้นประถมศึกษาปีที่ 1- มัธยมศึกษาปีที่ 1 พ.ศ. 2552 โรงเรียนสถานศึกษาพอเพียง จากกระทรวงศึกษาธิการ - โรงเรียนดีเด่นด้านเทคโนโลยีสะอาด ตามโครงการการประยุกต์ใช้เทคโนโลยีสะอาดในโรงเรียนจากกรมส่งเสริมคุณภาพสิ่งแวดล้อมกระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม - โรงเรียนได้รับการคัดเลือกเข้าร่วมโครงการสร้างจิตสำนึกการใช้พลังงานสำหรับเยาวชนในสถานศึกษา(เงิน) จากกระทรวงพลังงาน พ.ศ. 2553 โรงเรียนดีใกล้บ้าน(โรงเรียนต้นแบบในฝัน รุ่น 3) พ.ศ. 2554 โรงเรียนได้รับรางวัลดีเด่นด้านคุณธรรมจริยธรรมระดับประเทศ จากสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐานร่วมกับธนาคารออมสิน พ.ศ. 2555 ได้รับรองเป็นโรงเรียน “ต้นแบบโรงเรียนในฝัน” รุ่นที่ 3 จากสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน พ.ศ. 2556 ได้รับการประเมินเป็นสถานศึกษาพอเพียงต้นแบบการจัดการเรียนรู้และบริหารจัดการตามหลักปรัชญาของเศรษฐกิจพอเพียง จากสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษานครปฐม เขต 1 พ.ศ. 2556 เป็นโรงเรียนวิถีพุทธชั้นนำ รุ่นที่ 4 งานมหกรรมส่งเสริมศีลธรรมและประกวดกิจกรรมพัฒนาผู้เรียนด้านพระพุทธศาสนา ฉลองพระชันษา 100 ปี จากมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณ์ราชวิทยาลัย พ.ศ. 2559 โรงเรียนนำร่องโครงการโรงเรียนปลอดขยะ (Zero Waste School) จากสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษานครปฐม เขต 1 พ.ศ. 2559 โรงเรียนได้รับการคัดเลือกผลการปฏิบัติที่ดี Best Practice โครงการโรงเรียนปลอดขยะ (Zero Waste School) จากสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษานครปฐม เขต 1 พ.ศ. 2559 เป็นโรงเรียนที่มีผลงานการปฏิบัติที่เป็นเลิศ(Best Practices : BP) ของสถานศึกษาพอเพียง จากสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษานครปฐม เขต 1 พ.ศ. 2560 รางวัลเสมา ป.ป.ส. ผลงานดีเด่นระดับทองโครงการสถานศึกษาสีขาวปลอดยาเสพติดและอบายมุข จากสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน (สพฐ.) พ.ศ. 2560 รางวัลโรงเรียนต้นแบบอาหารกลางวัน ระดับเขตพื้นที่การศึกษา จากสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษานครปฐม เขต 1 พ.ศ. 2560 รางวัลสถานศึกษาที่ดำเนินงานระบบดูแลช่วยเหลือนักเรียนระดับทอง ระดับเขตพื้นที่การศึกษา จากสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษานครปฐม เขต 1 พ.ศ. 2560 รางวัลโรงเรียนให้การสนับสนุนช่วยเหลือกิจกรรมสำนักงานตำรวจแห่งชาติ ตามโครงการการศึกษาเพื่อต่อต้านการใช้ยาเสพติดในเด็กนักเรียน(D.A.R.E.ประเทศไทย) จากสถานีตำรวจภูธรกำแพงแสน พ.ศ. 2560 รางวัลโรงเรียนดีไม่มีอบายมุข จากสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน (สพฐ.) พ.ศ. 2560 รางวัลสถานศึกษาที่ดำเนินงานระบบดูแลช่วยเหลือนักเรียนระดับเงินระดับประเทศ จากสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน (สพฐ.) พ.ศ. 2560 รางวัลบ้านนักวิทยาศาสตร์น้อย จากมูลนิธิสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดา พ.ศ.2560 รางวัลโรงเรียนที่ผ่านเกณฑ์มาตรฐานด้านการบริหารจัดการขยะและสิ่งแวดล้อม ตามนโยบาย “นครปฐมจังหวัดสะอาด ประชาราษฎร์จงภักดี” จากสำนักงานศึกษาธิการจังหวัด(กศจ.) พ.ศ.2560 รางวัลโรงเรียนต้นแบบอาหารกลางวัน ระดับประเทศ จากสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน (สพฐ.) พ.ศ. 2561 รางวัลทรงคุณค่า สพฐ. (OBEC AWARDS) เหรียญเงินประเภท ขยายโอกาสการศึกษา สังกัด สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษา ด้านบริหารจัดการยอดเยี่ยม ระดับภาค จากสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน (สพฐ.) พ.ศ. 2561 รางวัลทรงคุณค่า สพฐ. (OBEC AWARDS) เหรียญเงิน ประเภท ขยายโอกาสการศึกษา สังกัด สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษา ด้านบริหารจัดการยอดเยี่ยม ระดับชาติ จากสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน (สพฐ.) พ.ศ. 2562 รางวัลบ้านนักวิทยาศาสตร์น้อย จากมูลนิธิสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดา พ.ศ. 2562 รางวัลสถานศึกษาพระราชทานระดับประถมศึกษา (ขนาดกลาง)
