โรงเรียนวัดห้วยผักชีตั้งขึ้นเมื่อ พ.ศ. 2481  พร้อมกับการสร้างอารามวัดห้วยผักชี  โรงเรียนตั้งอยู่ในที่ดินของวัดห้วยผักชี  เนื้อที่ประมาณ  1  ไร่เศษ  การก่อสร้างโรงเรียนเกิดขึ้นจากการปรารภระหว่างเจ้าอาวาสกับผู้ใหญ่บ้านว่า  นักเรียนต้องเดินทางไปเรียนที่อื่นซึ่งไกลมาก  จึงพร้อมใจกันสร้างโรงเรียน  ซึ่งมีเจ้าอาวาสวัดห้วยผักชีสมัยนั้นกับนายอั้น จำเล  อดีตผู้ใหญ่บ้าน นายแก่น วังมะนาว  นายมาก อุไกร  นายล้อม  บัวเอี่ยม  และนายอินทร์  มหาดเล็ก  โดยได้ขออนุญาตจากท่านนายอำเภอชื่อ ขุนเดชสุภารักษ์  และนายรัศมี  เรติกุล  ศึกษาธิการอำเภอสมัยนั้น  ซึ่งได้อนุมัติจัดสร้างเป็นอาคารชั่วคราว  เสาไม้ไผ่  หลังคาแฝก-หญ้าคา  โต๊ะ-เก้าอี้  ใช้ไม้ไผ่  โดยได้รับการอุปการะจากชาวบ้านในท้องถิ่น  เปิดสอนครั้งแรกในระดับปี  1-2  โดยมีนายวัน  บุญรอด  เป็นครูใหญ่และครูผู้สอน  ต่อมาอีก  1  ปี  เปิดสอนในระดับประถมศึกษาปีที่  3  และประถมศึกษาปีที่  4  ตามลำดับ

          ปี  พ.ศ.2499  ได้ก่อสร้างเป็นอาคารหลังใหม่  เป็นเอกเทศ  ซึ่งก่อนนั้นได้อาศัยศาลาวัดบ้าง  หลังเกิดอาคารผุพัง  จนซ่อมแซมไม่ได้  เป็นที่เอือมระอาต่อผู้พบเห็น  คณะครูในสมัยนั้น  และพระอธิการร่อน  เขมปาโน  เจ้าอาวาส  พร้อมด้วยคณะกรรมการวัดและชาวบ้านได้สละเงิน  12,000  บาท  สร้างอาคารเรียน  มีมุข  1  ข้าง  มุงด้วยสังกะสี 

          ปี  พ.ศ.2515  ได้รับทุนมูลนิธิ  สโมสรโรตารี่  นครปฐม    พร้อมด้วยพ่อค้าประชาชน  และกองทัพบก  ได้ก่อสร้างอาคารโรงเรียนถาวรแล้วเสร็จ  เมื่อวันที่  4  เมษายน  พ.ศ.2515  เป็นอาคารแบบ  017  จำนวน 4 ห้องเรียนสิ้นค่าก่อสร้าง  277,500  บาท  พร้อมส้วมและเสาธง  ทำพิธีมอบเมื่อวันที่  10  มิถุนายน  พ.ศ.2515  ตั้งชื่อ  “โรงเรียนวัดห้วยผักชี  มิตรภาพที่  119”

          ปี  พ.ศ.2519  โรงเรียนได้รับงบประมาณต่อเติมชั้นล่างอาคารเรียน  อีก  4  ห้องเรียน  และในปีนี้โรงเรียนได้เปิดการสอนชั้นประถมศึกษาตอนปลายภาคบังคับ

          ปี  พ.ศ. 2546  โรงเรียนวัดห้วยผักชี  ได้เปลี่ยนไปอยู่ในสังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษานครปฐม เขต 1  สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน  กระทรวงศึกษาธิการ

ปี พ.ศ. 2550  โรงเรียนปรับปรุงซ่อมแซม ทาสีอาคารเรียนแบบ 017

ปี พ.ศ. 2552    โรงเรียนปรับปรุงซ่อมแซมอาคารอเนกประสงค์/โรงอาหาร พ.ศ.2552 ด้วยงบประมาณจากกิจกรรมการกุศลของวัดห้วยผักชี

ปี พ.ศ. 2553    สโมสรนิสิตคณะวิศวกรรมศาสตร์ มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์กำแพงแสน โครงการค่ายอาสาพัฒนาชนบทครั้งที่ 12 ก่อสร้างอาคารเรียนอนุบาลให้กับโรงเรียนวัดห้วยผักชี   

ปี พ.ศ.2553  สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษานครปฐม เขต 1 เปลี่ยนเป็นสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษานครปฐม เขต 1