โรงเรียนประถมฐานบินกำแพงแสน  เปิดสอนครั้งแรก ปี พ.ศ. 2512  เนื่องด้วยกองทัพอากาศย้ายโรงเ รียนการบินมาจากนครราชสีมา  มาตั้งที่ หมู่ 7  ตำบลกระตีบ อำเภอกำแพงแสน  จังหวัดนครปฐม  จึงย้ายโรงเรียนประจำกองบินมาด้วย  เพื่อให้ลูกหลานทหารได้มีที่เรียนในบริเวณที่ตั้งของโรงเรียนการบิน  โดยแบ่งเนื้อที่ให้ 52 ไร่ สร้างอาคารเรียนและอาคารประกอบให้บางส่วน  คือ  สร้างอาคารเรียนแบบ 008 ดัดแปลงจำนวน 2 หลัง 24 ห้องเรียน  โรงอาหารขนาดใหญ่ จำนวน 1 หลัง  โรงจอดรถจักรยาน จำนวน 2 หลัง  ส้วมขนาดใหญ่สำหรับนักเรียนชาย-หญิง จำนวน 1 หลัง 15 ที่นั่ง  เมื่อสร้างอาคารเรียนและอาคารประกอบเสร็จแล้ว  จึงเปิดสอนครั้งแรก เมื่อวันที่ 1 พฤษภาคม 2512  กองทัพอากาศได้มอบอาคารเรียน และอาคารประกอบทั้งหมดให้กับองค์การบริหารส่วนจังหวัดนครปฐมเป็นผู้บริหารการศึกษาต่อไป  สำหรับครู-อาจารย์ ส่วนใหญ่ย้ายติดตามสามีมาจากจังหวัดนครราชสีมา  โรงเรียนเปิดสอนตั้งแต่ ชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 ถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ 7  ในปี พ.ศ. 2516 องค์การบริหารส่วนจังหวัดนครปฐม  มีนโยบายช่วยเหลือผู้ปกครอง  จึงให้โรงเรียนเปิดสอนชั้นเด็กเล็กด้วย  ในครั้งแรกเปิด 2 ห้อง ต่อมาขยายเป็น 4 ห้อง  การเรียนการสอนดำเนินไปตามหลักสูตรของกระทรวงศึกษาธิการ  สายการบังคับบัญชา สมัยนั้น ขึ้นอยู่กับองค์การบริหารส่วนจังหวัดนครปฐม  ในวันท่ 1 ตุลาคม 2523  ได้มีการโอนโรงเรียนประถมศึกษาทั่วประเทศ  จากองค์การบริหารส่วนจังหวัด ไปสังกัดสำนักงานคณะกรรมการการประถมศึกษาแห่งชาติ  กระทรวงศึกษาธิการ  เปิดสอนตั้งแต่ชั้นเด็กเล็ก ถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ 6  ตั้งแต่ปีการศึกษา 2536 เป็นต้นมา ในวันที่ 7 กรกฎาคม 2546  ได้เปลี่ยนจากสังกัดสำนักงานคณะกรรมการการประถมศึกษาแห่งชาติ  เป็นสังกัดสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน  สังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษานครปฐม เขต 1  กระทรวงศึกษาธิการ