โรงเรียนวัดนิลเพชร  ก่อตั้งเมื่อวันที่  22 มิถุนายน พ.ศ. 2481   เป็นโรงเรียนประชาบาล ประเภทนายอำเภอจัดตั้ง  อาศัยศาลาการเปรียญวัดนิลเพชรเป็นที่เรียน  มีนักเรียนทั้งสิ้น 83 คน และมีนายบรรเจิด   ประทุมนันท์ เป็นครูใหญ่คนแรก ต่อมาในปี พ.ศ. 2507 หลวงพ่อแดง ประทุมสินธุ์ ได้มอบที่ดินชายคลองญี่ปุ่นซึ่งอยู่ฝั่งตรงข้ามกับวัดนิลเพชร ให้แก่โรงเรียน จำนวน 8 ไร่ เพื่อใช้เป็นสถานที่สร้างอาคารเรียนแบบ ป.01 / 1 / 4  โดยสร้างเสร็จและย้ายนักเรียนเข้ามาเรียน ในวันที่ 1 มกราคม

พ.ศ. 2509 และ ในปี พ.ศ. 2517 ผู้ใหญ่ใช้ เพิ่มทองอินทร์ ได้มอบที่ดินทางด้านทิศเหนือของทิศเดิมให้แก่โรงเรียนอีก จำนวน 2 ไร่ 3 งาน เพื่อใช้เป็นสถานที่สร้างอาคารเรียนแบบ ป.04 / 1 / 4 ต่อมา คุณวณี นาควัชระ ได้บริจาคอาคารเรียนให้แก่โรงเรียนวัดนิลเพชร จำนวน 2 หลัง ในปี พ.ศ. 2540 และพ.ศ.  2542 ตามลำดับ ซึ่งในปี พ.ศ. 2542 นี้ คุณสมพร พัฒนกิจการ ได้บริจาคสร้างพื้นคอนกรีตเสริมเหล็กใต้ถุนอาคารเรียนแบบ ป.01 / 1 / 4 และแบบ ป.04 / 1 / 4 มูลค่า 300,000 บาท ให้แก่โรงเรียน

          ปัจจุบันโรงเรียนวัดนิลเพชร ตั้งอยู่เลขที่ 102 หมู่  5 ตำบลนิลเพชร  อำเภอบางเลน   จังหวัดนครปฐม สังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษานครปฐม เขต 2 สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน กระทรวงศึกษาธิการ เป็นโรงเรียนทางทิศเหนือของจังหวัดนครปฐม  มีเขตติดต่อกับจังหวัดสุพรรณบุรี จังหวัดนนทบุรี และจังหวัดพระนครศรีอยุธยา