โรงเรียนวัดเกาะลันตา  ตั้งขึ้นเมื่อ  พ.ศ.  ๒๔๘๐  รัฐบาลเป็นผู้จัดตั้งขึ้น  โดยงบประมาณ   ในปีพ.ศ.  ๒๕๐๖    ทางราชการได้ให้งบประมาณ   จำนวน   ๓๐,๐๐๐   บาท    โดยการจัดสร้างอาคารเรียนแบบ  ๐๑๔   แต่งบประมาณไม่เพียงพอ  จึงสร้างได้เพียง  ๒   ห้องเรียน    ต่อมาในปี   พ.ศ.  ๒๕๐๘  ได้รับงบประมาณเพิ่มเติม  จึงได้ดำเนินการสร้างแล้วเสร็จเป็นอาคารหลังแรก

                        ต่อมาในปี  พ.ศ.  ๒๕๐๒  ทางอำเภอได้ยกฐานะของโรงเรียนเป็นโรงเรียนประจำของอำเภอและได้จัดการเรียนการสอนตามหลักสูตรใหม่ของกระทรวงศึกษาธิการ ตามคำสั่ง ๓๓/ม ๐๒ ลงวันที่ ๒๗  มกราคม  ๒๕๐๒

                        ในปี  พ.ศ.  ๒๕๒๒   ทางราชการได้ยุบโรงเรียนเกาะลันตา  ซึ่งเป็นอีกโรงเรียนหนึ่งของอำเภอเกาะลันตา  เข้าเป็นโรงเรียนเดียวกัน   เป็นโรงเรียนวัดเกาะลันตา  แล้วเปิดสอนตั้งแต่ชั้นประถมศึกษาปีที่  ๑   ถึงชั้นประถมศึกษาปีที่  ๖ ต่อมาในปี ๒๕๒๕ โรงเรียนวัดเกาะลันตาได้รับอนุญาตจากสำนักงานการประถมศึกษา จังหวัดกระบี่ ได้เปิดสอนในระดับชั้นเด็กเล็ก จนถึงชั้นประถมศึกษาปีที่๖   และในปี๒๕๓๓ สำนักงานการประถมศึกษาจังหวัดกระบี่ได้จัดสรรงบประมาณสร้างอาคารเรียน แบบ สปช๑๐๒/๒๖ ขนาด ๖ ห้องเรียน สร้างเสร็จเมื่อวันที่ ๑๗ พฤษภาคม ๒๕๓๔ ปัจจุบันโรงเรียนวัดเกาะลันตาได้เปิดสอน ชั้นอนุบาล๒ ถึง ชั้นประถมศึกษาปีที่๖