โรงเรียนบ้านเกาะปู ตั้งขึ้นเมื่อ พ.ศ. ๒๕๑๑โดยราษฎรในท้องถิ่นได้ร่วมกันจัดสร้างอาคารเรียนชั่วคราว ขนาด ๒ห้องเรียน นำโดยนายแหล้หมัน  ปุสสะ ซึ่งเป็นผู้ใหญ่บ้านขณะนั้น  ณ บริเวณริมคลองคล้า หมู่ที่ ๒ตำบลเกาะศรีบอยา อำเภอเหนือคลอง จังหวัดกระบี่ มีเนื้อที่ ๕๐ไร่    เปิดทำการสอนชั้นประถมศึกษาปีที่ ๑มีนักเรียนชาย ๒๗คน นักเรียนหญิง ๑๓คน  นายแดง  เพชรแขก เป็นครูผู้สอน

          ปี พ.ศ. ๒๕๑๔ ได้ย้ายโรงเรียนจากบริเวณที่เดิมมาตั้งใหม่ ณ บริเวณที่ดินของนายหล้า  มารถโอสถ ซึ่งบริจาคให้โรงเรียน จำนวน ๒๕ ไร่ ๒งาน ๒๘ ๔/๑๐ ตารางวา อยู่ห่างจากท่าเรือบ้านเกาะปู ประมาณ ๔๐๐ เมตร ได้ก่อสร้างอาคารเรียนแบบ ป.๑ก เป็นอาคารเรียนไม้ชั้นเดียว จำนวน   ๑หลัง ๓ห้องเรียน เปิดทำการสอนตั้งแต่ชั้นประถมศึกษาปีที่ ๑ถึงประถมศึกษาปีที่ ๔

           ปี พ.ศ. ๒๕๑๖ทางโรงเรียนได้รับงบประมาณก่อสร้างบ้านพักครูแบบองค์การบริหารส่วน

จังหวัด เป็นอาคารไม้ชั้นเดียวใต้ถุนสูง จำนวน ๑หลัง ขนาด ๒ห้องนอน ๑ห้องครัว ต่อมาได้ต่อเติม   ชั้นล่างและห้องน้ำห้องส้วม

          ปี พ.ศ. ๒๕๑๙ทางโรงเรียนได้รับงบประมาณก่อสร้างอาคารเรียน แบบ ป.๑ก เป็นอาคารเรียนแบบก่ออิฐถือปูน จำนวน ๑หลัง ๔ห้องเรียน

          ปี พ.ศ. ๒๕๒๑ทางโรงเรียนได้รับงบประมาณก่อสร้างบ้านพักครูแบบ สปช. เป็นอาคารไม้และก่ออิฐถือปูน ชั้นล่าง จำนวน ๑หลัง ขนาด ๓ห้องนอน ๑ห้องครัว และ ๑ห้องน้ำห้องส้วม และในปีเดียวกัน โรงเรียนได้รับงบประมาณเงินผันฯ ก่อสร้างส้วม จำนวน ๑หลัง ๒ที่นั่ง ซึ่งภายหลังชำรุด        ไม่สามารถซ่อมแซมได้ และรื้อถอนไปแล้ว

          ปี พ.ศ. ๒๕๒๔ทางโรงเรียนได้รับงบประมาณก่อสร้างส้วมแบบ สปช. ๑๐๔จำนวน      ๑หลัง ๓ที่นั่ง ซึ่งภายหลังชำรุดไม่สามารถซ่อมแซมได้ และรื้อถอนไปแล้ว

                   ปี พ.ศ. ๒๕๒๘ทางคณะชมรมพัฒนาสังคม ของการไฟฟ้าฝ่ายผลิต เขต ๓จังหวัดกระบี่ร่วมกับคณะครู ภารโรง โรงเรียนบ้านเกาะปู ได้ร่วมกันสร้างเสาธง ฐานคอนกรีต ให้โรงเรียน ๑ชุด ปีนี้ทางโรงเรียนได้เปิดสอนตั้งแต่ชั้นเด็กเล็ก ถึง ชั้นประถมศึกษาปีที่ ๖

                    ปี พ.ศ. ๒๕๓๕ทางโรงเรียนได้รับงบประมาณจากต้นสังกัดตามโครงการ กศ.พช. เพื่อจัดสร้างถังกรองน้ำ ถังเก็บน้ำซีเมนต์ พร้อมกับติดตั้งเครื่องสูบน้ำ ท่อส่งน้ำ เพื่อบริการน้ำดื่ม น้ำใช้ในโรงเรียน เป็นเงิน ๑๐,๐๐๐บาท และในปีเดียวกันทางโรงเรียนได้ปรับปรุงต่อเติมโรงอาหาร พร้อมกับสร้างป้ายโรงเรียนจนเสร็จสิ้น

                   ปี พ.ศ. ๒๕๓๗ทางโรงเรียนได้รับงบประมาณจากต้นสังกัด เพื่อจัดสร้างถังเก็บน้ำฝนซีเมนต์ แบบ ฝ.๓๐พิเศษ เป็นเงิน ๗๐,๐๐๐บาท และในปีเดียวกันนี้คณะครูในโรงเรียนได้ร่วมกันบริจาคเงิน ๒,๔๐๐ บาท เพื่อจัดสร้างหอกระจายข่ายของโรงเรียนจนเสร็จสิ้น

                   ปี พ.ศ. ๒๕๓๘ทางโรงเรียนได้ขุดบ่อน้ำตื้น จำนวน ๑บ่อ โดยรับบริจาคจากคณะครูในโรงเรียนจำนวน ๖,๘๐๐บาท

                   ปี พ.ศ. ๒๕๔๐ทางโรงเรียนได้ขยายชั้นเรียนระดับก่อนประถมศึกษา ๒ชั้นเรียน คือ      ชั้นอนุบาล ๓ขวบ และชั้นอนุบาล ๑และในปีเดียวกันนี้ ทางโรงเรียนได้รับงบประมาณเป็นค่าวัสดุปรับปรุงโรงเรียน เป็นเงิน ๘๑,๐๐๐ บาท  เพื่อซ่อมแซมฝาผนังอาคารเรียนหลังที่  ๑  (๓ห้องเรียน)  จนเสร็จสิ้น

                   ปี พ.ศ. ๒๕๔๑ทางโรงเรียนได้ขอยุบชั้นเรียน ๑ห้องเรียน คือ ชั้นอนุบาล ๓ขวบ เนื่องจากไม่เข้าหลักเกณฑ์ของสำนักงานคณะกรรมการการประถมศึกษาแห่งชาติ ตามหลักเกณฑ์ใหม่จึงยังคงเหลือชั้นเรียนระดับก่อนประถมศึกษาเพียง ๒ห้องเรียน คือ ชั้นอนุบาล ๑และชั้นเด็กเล็ก และในปีเดียวกันนี้ ทางโรงเรียนได้รับงบประมาณจากหน่วยงานต้นสังกัดเป็นค่าวัสดุปรับปรุงโรงเรียน เป็นเงิน ๑๔,๘๐๐ บาท เพื่อจัดสร้างทางเท้าด้านหน้าและด้านข้างของอาคารเรียน ทั้ง  ๒หลัง พร้อมกันนี้โรงเรียนได้จัดสร้างอาคารจริยธรรม ๑หลัง จากงบประมาณผลกำไรจากการจัดงาน วันเด็กแห่งชาติ ของคณะกรรมการสถานศึกษาโรงเรียนเป็นเงิน ๔๒,๐๐๐ บาท

                   ปี พ.ศ. ๒๕๔๒ทางโรงเรียนได้ปรับชั้นเรียนระดับก่อนประถมศึกษา จากชั้นเด็กเล็กเป็น ชั้นอนุบาล ๒เพื่อใช้หลักสูตรต่อเนื่องชั้นอนุบาล ๑-๒และในปีเดียวกันทางโรงเรียนได้รับงบประมาณจากหน่วยงานต้นสังกัดเพื่อก่อสร้างส้วมแบบ สปช. ๖๐๑/๒๖จำนวน ๑หลัง ๔ที่นั่ง พร้อมที่ปัสสาวะนักเรียนชาย เป็นเงิน ๑๑๑,๐๐๐ บาท พร้อมกันนี้ได้ต่อเติมบ้านพักครูชั้นล่างของหลังแรก เป็นเงิน ๑๘,๐๐๐ บาท โดยได้รับงบประมาณบริจาคของคณะครูในโรงเรียนและปีเดียวกัน ทางโรงเรียนได้รับการจัดสรรอัตราครูจ้าง ๑อัตรา จากงบประมาณมิยา-ซาวา ซึ่งต่อมาได้ปรับเป็นงบประมาณจากหน่วยงานต้นสังกัด เนื่องจากงบมิยา-ซาวาหมด

                   ปี พ.ศ. ๒๕๔๓ทางโรงเรียนได้จัดสร้างศาลาอเนกประสงค์ ๑หลัง เป็นเงิน ๑๕,๐๐๐บาท โดยใช้งบประมาณจากผลกำไรจากการจัดงานวันเด็กแห่งชาติ ของคณะกรรมการสถานศึกษาโรงเรียน เพื่อใช้เป็นที่จัดกิจกรรมของนักเรียนและใช้เป็นที่ขายอาหารของแม่ค้าที่นำอาหารมาขายในโรงเรียน

                   ปี พ.ศ.  ๒๕๔๕ทางโรงเรียนได้รับงบประมาณจากหน่วยงานต้นสังกัดเพื่อก่อสร้าง   อาคารเรียนแบบ สปช. ๑๐๒/๒๖ จำนวน ๑หลัง ๔ห้องเรียน เป็นเงิน ๙๓๒,๔๐๐ บาท ก่อสร้างส้วม แบบ สปช. ๖๐๑/๒๖ จำนวน ๑หลัง ๔ที่นั่ง เป็นเงิน ๙๐,๙๐๐ บาท ก่อสร้างลานกีฬาอเนกประสงค์ แบบกรมพลศึกษา จำนวน ๑สนาม เป็นเงิน ๑๐๐,๐๐๐ บาท และปรับปรุงซ่อมแซมบ้านพักครูหลังแรกเป็นเงิน ๑๒๔,๓๐๐ บาท และในปีนี้ มีนักศึกษาค่ายชมรมทักษิณเพื่อพัฒนาชนบทจากสถาบันเทคโนโลยีพระจอมเกล้าเจ้าคุณทหารลาดกระบัง ช่วยก่อสร้าง โรงอาหารและจัดทำทางเท้าบริเวณด้านหลังอาคารเรียน โดยทางสถาบันได้จัดสรรงบประมาณมาให้โรงเรียนจำนวน ๔๐,๐๐๐ บาท และทางโรงเรียนจัดหางบประมาณสมทบอีก จำนวน ๗๑,๐๐๐ บาท การก่อสร้างจึงเสร็จสมบูรณ์

                   ปี พ.ศ. ๒๕๔๗ทางโรงเรียนได้รับการติดตั้งระบบไฟฟ้าโซล่าเซลล์ จากโครงการจัดตั้งระบบผลิตไฟฟ้าด้วยแสงอาทิตย์ สำหรับโรงเรียนที่ไม่มีไฟฟ้าใช้ ใช้งบประมาณ เป็นเงิน ๒,๒๐๐,๐๐๐ บาท

                   ปี พ.ศ. ๒๕๔๘ทางโรงเรียนได้รับการติดตั้งจานดาวเทียม เพื่อใช้อินเทอร์เน็ตและโทรศัพท์ จากงบประมาณของรัฐบาล ได้รับงบประมาณสร้างอาคารอเนกประสงค์ จากศูนย์ศาสนาเทนรีเคียวแห่งประเทศไทย เป็นเงิน ๖๑๑,๒๑๕บาท และงบประมาณจัดสร้างโรงอาหารและถังน้ำซีเมนต์ แบบ ฝ.๓๓จากมูลนิธิสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี เป็นเงิน ๔๑๐,๐๐๐ บาท

                   ปี พ.ศ. ๒๕๕๒ ทางโรงเรียนได้จัดสรรโครงการสอนทางไกล ไกลกังวล ได้รับโทรทัศน์ ๒๑” จำนวน ๑๒เครื่อง เพื่อใช้ในการเรียนการสอน

                   ปี พ.ศ. ๒๕๕๒ โรงเรียนได้งบประมาณซ่อมบ้านพักครู ๑ หลัง SP2 เป็นเงิน ๑๑๕,๐๐๐  บาท ซ่อมแซมอาคารเรียน ๒หลัง เป็นเงิน ๓๐๐,๐๐๐บาท

                   ปี พ.ศ. ๒๕๕๓ ได้รับคัดเลือกจากกระทรวง ICT ให้เป็นศูนย์การเรียนรู้ ICT ชุมชน ตำบลเกาะศรีบอยา ได้รับจัดสรรคอมพิวเตอร์แม่ข่าย  ๑ ชุด สำหรับห้องเรียน ๒๐ ชุด พร้อมอุปกรณ์ต่าง ๆ

                   ปี  พ.ศ.  ๒๕๕๕   ได้รับการคัดเลือกจากสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษากระบี่  ได้รับจัดสรรคอมพิวเตอร์  จำนวน  ๑๑  เครื่อง  พร้อมอุปกรณ์ต่างๆ

                   ปี  พ.ศ.  ๒๕๕๕  ได้รับการคัดเลือกสำนักงานคณะกรรมการกิจการกระจายเสียง  กิจการโทรทัศน์  และกิจการโทรคมนาคมแห่งชาติ  ดำเนินการจัดสร้างโดย  บริษัท  ทีโอที  จำกัด  (  มหาชน  )  ได้รับจัดสรรคอมพิวเตอร์  จำนวน  ๑๑  เครื่อง  พร้อมอุปกรณ์ต่างๆ 

ปัจจุบัน โรงเรียนบ้านเกาะปูตั้งอยู่บนเกาะ จัดการเรียนการสอนตั้งแต่ชั้นอนุบาลปีที่ ๑    ถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ ๖ มีจำนวนนักเรียนทั้งหมด ๑๘๓  คน  มีครูและบุคลากรทางการศึกษา  ๑๑  คน