โรงเรียนบ้านเกาะบูโหลน สังกัดสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาสตูล อำเภอละงู จังหวัดสตูล ตั้งอยู่ หมู่ที่ ๓ ตำบลปากน้ำ อำเภอละงู จังหวัดสตูล รหัสไปรษณีย์ ๙๑๑๑๐ หมายเลขโทรศัพท์ -
โรงเรียนบ้านเกาะบูโหลน ได้ก่อตั้ง เมื่อ พ.ศ.๒๕๑๖ โดย กรป.กลางจังหวัดสตูล แต่ก็สร้างไม่เสร็จ ต่อมาชมรมอาสาพัฒนาวิทยาลัยครูสงขลา โดยการนำของ อาจารย์วันมูหะหมัดนอร์ มะทาและนพค.สตูล ร่วมกันสร้างต่อจนเสร็จ เป็นอาคารชั่วคราว จำนวน ๑ หลัง ๔ ห้องเรียน ตั้งบนเกาะบูโหลนดอน เปิดทำการสอนครั้งแรก เมื่อวันที่ ๑๗ พฤษภาคม ๒๕๑๖ โดยมีนายธรรมนูญ กสิวงศ์ เป็นครูใหญ่คนแรกและนางจำรัส กสิวงศ์ เป็นครูผู้สอน เปิดสอน ๒ ห้องเรียน มีนักเรียนทั้งหมด ๓๙ คน
ต่อมา ในปี พ.ศ. ๒๕๒๓ โรงเรียนได้รับงบประมาณก่อสร้างอาคารถาวร ๑ หลัง จึงได้ไป
ก่อสร้างบนเกาะบูโหลนเลและย้ายไปเปิดทำการเรียนการสอนที่เกาะบูโหลนเล
ปี พ.ศ. ๒๕๓๒ โรงเรียนบ้านเกาะบูโหลน ได้เปิดทำการเรียนการสอนทั้ง ๒ เกาะ
ปัจจุบันโรงเรียนบ้านเกาะบูโหลน เปิดทำการสอนตั้งแต่ระดับชั้น อนุบาล ๑ ถึง ระดับชั้นมัธยมศึกษาปีที่ ๓ เป็นโรงเรียนขยายโอกาสทางการศึกษา และเป็นโรงเรียนที่มี ๒ โรง ในชื่อเดียวกัน โรงเรียนที่ ๑ ตั้งบนเกาะบูโหลนเล โรงเรียนที่ ๒ ตั้งบนเกาะบูโหลนดอน มีเขตพื้นที่บริการ คือหมู่ที่ ๓ บ้านเกาะบูโหลน ตำบลปากน้ำ อำเภอละงู จังหวัดสตูล
ปัจจุบัน โรงเรียนทั้ง ๒ เกาะ มีครูผู้สอน ๑๑ คน พนักงานราชการ ๒ คน ครูอัตราจ้าง ๒ คนพนักงานบริการ ๑ คน ครูธุรการ ๑ คน นักเรียนทั้งหมด ( ๒ เกาะ ) ๑๑๓ คน (ข้อมูล ณ ๑๐ มิถุนายน พ.ศ ๒๕๕๙ )